Події відбуваються через 15 років після невідомої масштабної катастрофи, внаслідок якої люди перебували на межі виживання. Але на тих, хто вцілів, чекають випробування набагато страшніше... Земля піддається нападу величезних невідомих істот, що несподівано з'явилися, — Ангелів. Єдиною зброєю планети, яка здатна їх зупинити, є роботи «Євангеліон», розроблені за допомогою нових технологій. Однак вступати в бій за допомогою цих гігантів можуть лише ті люди, які здатні повністю перебудувати себе під машину і маніпулювати «Євангеліоном» подібно до свого тіла. Ці незвичайні воїни живуть та навчаються у засекреченому місті під землею Токіо-3, штабі «NERV» — організації, яка очолює оборону планети від нападу. У пілотів Рей, Аскі та Сіндзі вкрай складно складаються відносини. Однак тільки вони здатні знайти ключ до розгадки таємниці Ангелів і вирішити подальшу долю людства.
